初めまして！

以下回答をさせていただきます。

>成田空港の円錐表面にてフライトさせる際、高度50メートル以内なら包括申請のみでいいのか、個別申請なのか分かりません。どちらなのでしょうか？

→成田空港では高さ制限システムというどのくらいの高さまでの飛行であれば飛行許可が必要かどうかを判断できるwebサービスが用意されています。

https://secure.kix-ap.ne.jp/narita-airport/

こちらに飛行予定場所の住所を入力いただきまして、表示される制限高（標高）－照会地の地表の高さ（標高）の高さの範囲内であれば空港等周辺における個別申請は不要となります。

不安な場合には念の為空港に直接飛行予定場所をお伝えして確認してみるのが安心なのでおすすめでございます。

ご参考にくださいませ。

トライフ行政書士事務所 https://traif-g.com/ 渡邊 涼介